یک سخنگوی کاخ سفید به نشریه واشینگتن اکزمینر تأیید کرد که ترامپ حکم انتصاب روبیو را امضا کرده است. کاخ سفید زمان دقیق امضای این حکم را مشخص نکرد.
روبیو در اول مه ۲۰۲۵، پس از آنکه مایکل والتز، مشاور امنیت ملی وقت، برای تصدی پست سفیر ایالات متحده در سازمان ملل متحد انتخاب شد، این مسئولیت را بر عهده گرفت. خروج والتز چند هفته پس از آن رخ داد که او در یک حادثه بحثبرانگیز دخیل بود؛ جایی که یک خبرنگار به اشتباه به یک گروه چت در پیامرسان سیگنال اضافه شد که مقامات ارشد دولت در آن درباره حملات نظامی به حوثیها در یمن گفتگو میکردند.
روبیو به عنوان مشاور امنیت ملی، بر کارکنان شورای امنیت ملی نظارت دارد و در زمینههای سیاست خارجی، اطلاعات و مسائل دفاعی به ترامپ مشاوره میدهد و همچنین سیاستهای امنیت ملی دولت را هماهنگ میکند.
این انتصاب دوگانه، نقشی غیرعادی و گسترده را به روبیو در دولت ترامپ و در چارچوب دستور کار سیاست خارجی «اول آمریکا» اعطا میکند، زیرا او همزمان وزارت امور خارجه وزارت امور خارجه را اداره میکند و به عنوان ارشدترین مشاور امنیت ملی رئیسجمهور فعالیت مینماید.
روبیو تنها دومین نفر در تاریخ ایالات متحده است که همزمان سمتهای وزیر امور خارجه و مشاور امنیت ملی را بر عهده دارد. اولین نفر کسی جز هنری کیسینجر نبود که در دهه ۱۹۷۰ میلادی و در دوران ریاستجمهوری ریچارد نیکسون و جرالد فورد هر دو پست را داشت. کیسینجر از سال ۱۹۶۹ به عنوان مشاور امنیت ملی خدمت کرد و در سال ۱۹۷۳ وزیر امور خارجه شد و تا نوامبر ۱۹۷۵ هر دو سمت را همزمان حفظ کرد.
سایر مقامات برجسته از جمله کالین پاول و کاندولیزا رایس نیز در طول دوران کاری خود هر دو سمت را داشتهاند، اما نه به صورت همزمان.
در یک مقطع زمانی، روبیو همزمان چهار عنوان شغلی در دولت ترامپ داشت و علاوه بر نقشهای دوگانه سیاست خارجی و امنیت ملی، به عنوان سرپرست آژانس توسعه بینالمللی ایالات متحده (USAID) و سرپرست آرشیو ملی ایالات متحده نیز خدمت میکرد. روبیو در اوت ۲۰۲۵ مسئولیتهای USAID را به راس ووت واگذار کرد و در فوریه ۲۰۲۶ نقش آرشیو ملی خود را به جیمز بایرون تفویض نمود.
نام روبیو همچنین به عنوان یکی از مدعیان کسب نامزدی حزب جمهوریخواه برای انتخابات ریاست جمهوری ۲۰۲۸ مطرح شده است. ترامپ قبلاً جیدی ونس، معاون رئیسجمهور و روبیو را به عنوان یک «تیم رؤیایی» ریاست جمهوری توصیف کرده بود، اما از حمایت صریح از هیچکدام از کاندیداها خودداری کرد. روبیو به طور علنی هرگونه برنامهای برای شرکت در انتخابات ۲۰۲۸ را تکذیب کرده است.